乙肝潜在先导分子，沙特印度研究人员发现，三

受到HBV X蛋白（HBx）影响的许多信号通路影响细胞侵袭和增殖。除了在病毒复制与染色体不稳定性中的作用外，HBx在肿瘤发生中也起作用。此外，DNA甲基化、血管生成、肿瘤发生、氧化应激和迁移都是它调节的因素。

来自Molecules，图 1. 3MSH 蛋白的结构

乙肝潜在先导分子，沙特印度研究人员发现，三甘醇单乙醚衍生物

沙特阿拉伯纳季兰大学药学院药理学系化学系和印度科勒理工大学研究人员基于HBx，在Molecules上发表了一项研究，旨在说明制备三甘醇单乙醚衍生物未来可能成为乙肝候选药物有希望的分子！

在本研究的ADMET（药物的吸收， 分配， 代谢， 排泄和毒性）药物动力学方法中，研究人员选定的命中分子将通过ADME/T研究进行验证，以确定针对病原微生物的潜在先导分子。通过使用ADME/T工具，可预测药物设计过程中配体的生物利用度、代谢半衰期和渗透性等药代动力学（PK）参数。在初始发现阶段，分析ADME可以显著减少PK失败影响的临床试验比例。

来自Molecules，图 2. 在RasMol中查看 CID_8190 (RasWin Molecular Graphics) 的相互作用分析

为研究评估的六种物理化学性质是：生物利用度雷达的亲脂性、大小、极性、溶解度、柔韧性和饱和度。对于被认为是类药物的分子，它必须完全在每个轴上的物理化学范围内，该范围由雷达图中的粉红色区域描绘。

分子动力学研究方面，使用薛定谔进行分子动力学模拟。这种强大的计算工具可以预测材料特性、设计药物和模拟生物分子等等。对接后进行MD模拟以优化最终结构，分析不同配合物的稳定性，并考虑溶剂效应作为计算机中的最终过滤器，以指导化学合成以进行命中优化。

来自Molecules期刊：图 3. CID_8190 的生物利用度雷达

它能够理解结构和动力学——分析分子系统的时间相关行为允许跟踪单个原子在这些尺度上的运动。薛定谔工具用于分析MD轨迹的参数，包括：均方根偏差（RMSD）、均方根波动（RMSF）、回转半径（RG）、分子间氢键数、溶剂可及表面积（SASA） ) 和B因子。

本研究结果表明，ADMET研究中所选分子具有可接受的口服毒性（LD50），这意味着它们在低浓度下不会引起任何不良副作用。所讨论的分子被确定为无毒的，从而确保了它们的安全性。分子的预测毒性特性及其预测概率、生物利用度和药物相似性。

新药开发的第一步即是药物发现！若想实现这一步，需使用先进科学方法包括分子对接、ADMET研究和分子动力学模拟，以确定目标和先导化合物。乙肝是一种危及生命的肝脏感染疾病，在本研究中，研究人员考虑的蛋白质是HBx，乙肝X相互作用蛋白晶体结构获自PDB数据库 (PDB ID-3MSH)。

再从PubChem数据库中，选择了20个配体用于进一步的计算机研究。本研究侧重于使用iGEMDOCK进行计算机分子对接研究。结果显示，三甘醇单乙醚衍生物与分子靶标HBx显示出最佳的结合亲和力，具有-59.02 kcal/mol的高负亲和力结合能。

在随后的 ADMET 研究中，遵循了 Lipinski 的五法则、Veber 和 Ghose。进行分子动力学模拟以确认对接研究并分析结构的稳定性。结果表明，三甘醇单乙醚衍生物可能是制备未来乙肝候选药物的有希望的分子。未来有必要进行大量研究工作以寻找一种有前途的乙型肝炎药物。

可见沙特印度研究人员共同发表题为：HBx蛋白参与乙肝-乙肝病毒发病机制的计算机分子对接和模拟研究

小番健康结语：随着科学技术进步，科研人员使用计算机来辅助药物设计，已经为识别和优化先导化合物铺平道路。使用计算机工具，可以更便捷高效地限制所需分子数量，以便通过实验进一步分析。

在这项由沙特和印度研究人员共同完成的研究里，研究人员根据对接分数、结合能、合适的ADMET以及模拟结果总共确定了 20种化合物，并从中选择了三甘醇单乙醚衍生物。总之，这是一项乙肝新药研发的第一个环节——药物发现中，研究人员确定并强调了这种化合物在治疗乙肝方面的潜力，未来可用于开发更有效抗HBV药物。

文章来源：《分子科学学报》 网址: http://www.fzkxxbzz.cn/zonghexinwen/2022/0225/1535.html